Dr. Vegapunk pertama kali disebut di Chapter 433 dengan judul "The Name of the Sea", dimana saat itu Coby sedang menceritakan bagaimana Kapal Angkatan Laut bisa menyeberangi Calm Belt dengan teknologi batu laut (Kairouseki) yang melapisi bagian bawah kapal angkatan laut untuk mengelabuhi Monster Laut. Teknologi tersebut diciptakan oleh Dr. Vegapunk.
Chapter ini rilis pada tahun 2006. Sudah 16 tahun berlalu, dan barulah Vegapunk ditampilkan. Akan tetapi berdasarkan siluet Vegapunk pertama kali ditampilkan, dan juga di Chapter 658 saat anak buah Smoker menyebut Vegapunk dengan "Thanks to that OLD GEEZER Vegapunk", sosok wanita yang memperkenalkan diri sebagai Vegapunk di Chapter 1061 ini masih perlu dikonfirmasi lagi.
Mengingat ada kode "Punk 02" yang masih memungkinkan karakter ini hanyalah kloning dari Dr. Vegapunk.
Teknologi canggih Franky mulai dimunculkan di Shabondy setelah "Time Skip", dimana selama time skip, Franky berada di pulau asal kelahiran Dr. Vegapunk. Dan sepertinya robot yang dibuat oleh Franky merupakan hasil riset dari Dr. Vegapunk yang ditemukan oleh Franky didalam gua. Sebut saja Robot Franky yang mirip dengan Robot yang menyelamatkan Thousand Sunny dan dan Kapal selam berbentuk Hiu dari "Soldier Dock System" di Channel 3 dari Thousand Sunny, mirip dengan Hiu Robot yang menyerang kapal Kru Topi Jerami ini.
Keduanya beda ukuran.